وكانت النيابة نسبت للمتهمين ارتكاب جرائم إنشاء وإدارة جماعة “كتائب أنصار الشريعة”، وتأسيسها على أفكار متطرفة وتكفير سلطات الدولة، ومواجهتها لتغيير نظام الحكم بالقوة.

كما وجهت للمتهمين تهم الاعتداء على أفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستباحة دماء الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم وممتلكاتهم، واستهداف المنشآت العامة وإحداث الفوضى بالمجتمع.

وذكرت  أن القضية جرى تداولها على مدار 54 جلسة خلال 40 شهرا بدأت في مطلع عام 2015.

وأثناء سير المحاكمة قامت المحكمة بتحريك دعوى جنائية ضد المتهم الرئيسي في القضية سيد عطا و8 آخرين طبقا لحقها المخول بالقانون للمادة 244 إجراءات وقررت حبسهم عاما بتهمة إهانة المحكمة، كما عاقبت المحكمة مرتين 19 متهم بتهمة إهانة المحكمة لمد سنتين.

وورد في أمر الإحالة أن المتهمين تعرفوا على بعضهم البعض عقب فض اعتصامي رابعة والنهضة وأنهم تلقوا تمويلا ماليا من بعض المتهمين الهاربين، كما قاموا بتدريب أعضاء الجماعة على كيفية تصنيع المتفجرات والقنابل وأعدوا خططا لاستهداف القوات الشرطية والعسكرية وتبنوا أفكارا تكفيرية في غضون الفترة من أغسطس عام 2013 حتى الرابع من مايو عام 2014 بمحافظات الشرقية وبني سويف والجيزة.